ТУСУР остается государственным учреждением, сохраняет учредителя - Министерство науки и высшего образования РФ, лицензию и государственную аккредитацию. При этом у вуза появился новый устав, в ближайшее время будет сформирован наблюдательный совет, в состав которого войдут представители Минобрнауки, администрации Томской области, ТУСУРа, российских предприятий и организаций. Наблюдательный совет на основании собственной экспертизы принимает решения по ключевым вопросам, касающимся программы развития вуза, плана финансово-хозяйственной деятельности и другим.

Решение о переходе в статус автономного образовательного учреждения было принято ученым советом университета, его поддержали преподаватели, сотрудники и представители студенческого сообщества на конференция трудового коллектива. До этого ТУСУР находился в статусе бюджетного образовательного учреждения высшего образования. Решение о переходе связано, прежде всего, с участием университета в ключевых государственных программах «Приоритет 2030», Передовые инженерные школы, Национальная технологическая инициатива и выполнением стратегических проектов в области микроэлектроники, кибербезопасности, IT, космического инжиниринга, биотехнологий.   

Новый юридический статус поможет активнее инвестировать в предпринимательство, включаться в работу научно-технических советов предприятий путем перекрестного вхождения, принимать управленческие решения, связанные с развитием университета в тесном взаимодействии с федеральными и региональными властями.

Статус автономных образовательных учреждений имеют многие вузы страны: Высшая школа экономики, Санкт-Петербургский политехнический университет Петра Великого, Сибирский федеральный университет, Пермский государственный национальный исследовательский университет, Российский университет транспорта, Омский госуниверситет имени Ф.М. Достоевского и другие. Статус автономного образовательного учреждения несколько лет назад получили и томские вузы ТГУ и ТПУ - это было условием участия в программе Минобрнауки РФ «5-100».